焦作市人民检察院内设机构19个，包括第一检察部、第二检察部、第三检察部、第四检察部、第五检察部、第六检察部、第七检察部、第八检察部(国家赔偿和司法救助工作办公室)、法律政策研究室、案件管理办公室共10个业务部门，以及办公室、政治部人事教育处、政治部组织处(离退休干部处)、政治部宣传处、司法警察支队、检务督察处、计划财务装备处、检察技术信息处和机关党委共9个综合部门。核定派驻机构2个，分别为派驻高新区检察室和派驻焦南监狱检察室；所属事业单位2个，分别为焦作市人民检察院诉讼服务中心和机关后勤服务中心，主管社会团体1个，即焦作市检察学会。
    下辖10个基层院，分别为沁阳市院、孟州市院、温县院、博爱县院、武陟县院、修武县院、解放区院、山阳区院、中站区院和马村区院。全市共有检察干警669人，其中政法专项编制514人，事业编制 155 人。市院机关干警151人，其中政法专项编制122人，事业编29人。